2006年1月新世紀(jì)第一次全國科學(xué)技術(shù)大會(huì)召開。中共中央總書記胡錦濤強(qiáng)調(diào)，要發(fā)揮國家高新區(qū)的重要作用，增強(qiáng)科技創(chuàng)新對區(qū)域經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展的支撐力度。隨后，國務(wù)院發(fā)布《國家中長期科學(xué)和技術(shù)發(fā)展規(guī)劃綱要(2006-2020年)》。

2006年1月23日經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，中關(guān)村科技園區(qū)率先啟動(dòng)“未上市高新技術(shù)企業(yè)進(jìn)入證券公司代辦股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)”試點(diǎn)工作。

2006年5月26日科學(xué)技術(shù)部決定，科技部原火炬高技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)中心、創(chuàng)新基金管理中心、中國技術(shù)市場管理促進(jìn)中心合并重組為新的“科技部火炬高技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)中心”。

2006年6月14日建設(shè)世界一流高科技園區(qū)試點(diǎn)工作正式啟動(dòng)。中關(guān)村、上海張江、深圳、西安、武漢、成都等6個(gè)國家高新區(qū)成為首批試點(diǎn)園區(qū)。

2006年8月科技部召開國家高新區(qū)所在城市市長座談會(huì)，提出要以提高自主創(chuàng)新能力為核心，通過“二次創(chuàng)業(yè)”，著力推進(jìn)“五個(gè)轉(zhuǎn)變”：即從注重招商引資和優(yōu)惠政策的外延式發(fā)展向主要依靠科技創(chuàng)新的內(nèi)涵式發(fā)展轉(zhuǎn)變；從注重硬環(huán)境建設(shè)向注重優(yōu)化配置科技資源和提供優(yōu)質(zhì)服務(wù)的軟環(huán)境轉(zhuǎn)變；從產(chǎn)品以國內(nèi)市場為主向大力開拓國際市場轉(zhuǎn)變；從推動(dòng)產(chǎn)業(yè)發(fā)展規(guī)模由小而分散向集中優(yōu)勢發(fā)展特色產(chǎn)業(yè)和主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)變；從逐步的、積累式改革向建立適應(yīng)社會(huì)主義市場經(jīng)濟(jì)要求和高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展規(guī)律的新體制新機(jī)制轉(zhuǎn)變。